COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.726955
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.803976
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.888107
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 2.967089
2021-06-15 17:00:00 2.260976 2.260976 3.024975
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.146946
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.248121

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.240741 2.414334
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.438029
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.494592
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.618959
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.401372 2.654319
2021-06-14 17:00:00 2.127660 2.716298 2.641325
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.714735

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 6.162176
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.361214
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 6.577754
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 6.759104
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 7.024828
2021-06-14 17:00:00 1.162791 0.325733 7.255238
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.955224 7.497631

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 4.946524 3.141711 3.334541
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 3.345820
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 3.385072
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.474602
2021-06-15 17:00:00 1.580247 3.679012 3.455728
2021-06-14 17:00:00 2.163462 3.348837 3.468242
2021-06-13 17:00:00 4.989605 3.409091 3.613330

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 6.811794
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.118353
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.550804
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.028796
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.624512
2021-06-14 17:00:00 19.512195 19.512195 4.500859
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 4.291944

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.888302
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 6.167825
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.403217
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.463714
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.548801
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 6.913520
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 7.155539

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 0.918555 0.918555 1.587014
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.619887
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.748282
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.789914
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 1.920693
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.365631 1.987386
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.019085

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.422408
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.504488
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.611502
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.692694
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.576512
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.926443 3.665998
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.622291

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 7.909605 1.248885 1.306397
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.266770
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.304033
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.692184 1.298270
2021-06-15 17:00:00 0.601504 0.601504 1.312193
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.768049 1.303557
2021-06-13 17:00:00 1.351351 1.351351 1.379105

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.467993 1.697514
2021-06-18 17:00:00 0.859793 1.749755 1.725004
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 1.795086
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 1.843901
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 1.897700
2021-06-14 17:00:00 1.560588 0.847458 1.903363
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 1.974483

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.876662
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.987849
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 2.104041
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.164324
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.240916
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.254453 2.276898
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 2.483637

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.376689
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.208556 1.265456
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.043025 1.212639
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 1.134984
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 1.117875
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.069519 1.090968
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 1.064108

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 3.927394
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 3.774500
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.862661 3.899630
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 3.931914
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 3.994098
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 3.970483
2021-06-13 17:00:00 18.604651 18.604651 4.215242

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 1.087980
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.236193
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.314590
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.517793
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.673507
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.311042 1.786165
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 1.919573

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 0.876145 0.876145 1.376270
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.479682
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.601220
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 1.727013
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 1.822663
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 1.914649
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.026673

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 6.009056
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 6.201383
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 6.198605
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.592814
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 6.618905
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 6.766791
2021-06-13 17:00:00 11.496063 11.496063 7.046736

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 1.135942
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 1.152249
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.958702 1.132305
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.196047
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.198122
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.189708
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.229254

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 4.176995
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.270362
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.375719
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.486339
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.609547
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 4.804346
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.010816

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.619327
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.713196
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.827963
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 1.905211
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 1.961554
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.627307 2.065150
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.181202

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 3.025954
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 3.029755
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.193833
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.254633
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.398716
2021-06-14 17:00:00 2.040816 2.040816 3.367136
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.464491

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.615322
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.674008
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.711835
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.789269
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 1.995392
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.600000 2.087387
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.247224

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 4.176380
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 4.347679
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.491167
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 4.663331
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.292343 4.931111
2021-06-14 17:00:00 2.865762 11.161388 5.013141
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.085926

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.715686 3.240741 2.414334
Basilicata 4.391892 4.391892 6.162176
Calabria 4.946524 3.141711 3.334541
Campania 6.414398 6.414398 6.811794
Emilia-Romagna 6.296547 6.296547 5.888302
Friuli Venezia Giulia 0.918555 0.918555 1.587014
Lazio 2.594400 2.594400 3.422408
Liguria 7.909605 1.248885 1.306397
Lombardia 1.064387 1.467993 1.697514
Marche 1.357082 1.357082 1.876662
Molise 1.763224 1.763224 1.376689
P.A. Bolzano 4.469274 4.469274 3.927394
P.A. Trento 0.849257 0.849257 1.087980
Piemonte 0.876145 0.876145 1.376270
Puglia 5.754717 5.754717 6.009056
Sardegna 0.731159 0.731159 1.135942
Sicilia 4.144960 4.144960 4.176995
Toscana 1.347240 1.347240 1.619327
Umbria 1.980198 1.980198 3.025954
Valle d'Aosta 1.657459 1.657459 1.615322
Veneto 3.393798 3.393798 4.176380

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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